作為供給側結構性改革的重要組成部分，農業供給側結構性改革不僅是農業的結構調整，更是農業的制度性改革。中央提出的“三去一降一補”任務，對于農業而言，重在補短板。
　　山東是農業大省，糧食產量、進口量和庫存量“三高”并存。統計數據顯示，2015年山東口岸進口糧食1919.6萬噸，總量比2014年同期增加17.1%。隨著近10年來土地租金、勞動力、農資等成本上漲，山東省大田作物的生產成本年均增長11%以上，2010年—2013年間，化肥、農藥、農膜等農業生產資料價格年均增長5.2%,糧食生產比較效益偏低，農民種田積極性下降。與此同時，山東省人均耕地面積僅有1.16畝，低于全國1.35畝的平均水平，人均水資源量355立方米，不到全國平均水平的1/6,資源承載過重是不可忽視的問題。此外，山東省農產品專用品種嚴重缺乏，美國有3000多個專用玉米品種，我國只有100多個品種，山東盛產的小麥、蘋果等專用品種也較少。省政府印發的《山東省農業現代化規劃（2016-2020年）》，提出到2020年，全省糧食產能達到1000億斤以上，全省農業科技進步貢獻率達到65%以上，農作物耕種收綜合機械化率達到84%。
　　記者從省宏觀經濟研究院了解到，該院在分析研究山東省農業發展現狀的基礎上，提出山東省農業供給側結構性改革應在優化農業產業結構、農村三次產業融合、農業科技創新、放活農村用地經營、補農業生態短板五個方面著力。
　　省宏觀經濟研究院相關研究人員認為，把農業結構調好調順調優，實現從“量”到“質”的轉變，需要以規模化經營、社會化服務、農業科技創新降低成本。彌補制約農業發展的薄弱環節，既要補農業基本建設之短，也要補農業生態環境之短，推動農業綠色發展。
　　目前，山東省很多地方對產業融合的理解還沒有走出產業內分工的思路，在政策制定上過于強調對單一農業內產業化的建設，忽視了對第二、第三產業中高度發達的細分產業的考量。研究人員建議，重構農業產業鏈、價值鏈，把培育產業園區作為開展農村三產融合最重要的前提工作，拓展對于農業自身功能的認識，把農業的多功能性擺在更重要的位置。橫向融合同樣是產業融合的重要組成部分，橫向融合應以農業的多功能性為基礎，這樣才能給農村三產融合找到更多的結合點和融合平臺。“產業公地”是培育共同的技術基礎和產業運作能力，是開展產業融合的根本前提。據了解，山東省發展農村三產融合的計劃里，還沒有提及對共同技術基礎的開發和培養計劃，這樣容易使促進農村三產融合的行動變成“撞大運”的行為。如果制定的計劃培育出了“產業公地”，則產業融合得以順利發展，若沒有形成共同的技術基礎，則產業融合充其量也只能是在某個產業內的產業化方向上的傳統延伸。
　　山東省有一大批農業科研單位，科研能力相對較高，但聯合、協作攻關能力不足。從山東省農林牧漁科技經費支出情況看，雖然財政對于農業科技攻關的經費從2009年—2010年平均支出7774.5萬元增長到2011年—2015年的25265.7萬元，在科研投入方面有所加大，但2013年—2015年連續三年零增長，科研投入相比先進省份來說明顯不足。“互聯網+現代農業”尚處于起步階段，大多僅僅停留在電子商務平臺的打造、“淘寶村”的建設上，缺乏綜合的互聯網生產服務一體化平臺，互聯網技術無法應用到農業生產的各個環節，造成產品附加值不高。
　　為培育農業發展新動力，研究人員建議，加快育種科技攻關步伐，推進農業信息化創新工程，建立先進農業科技與農業技術實踐、技能培訓相結合的教育模式，加快構建公益性推廣組織、社會化創業組織和多元化服務組織“三位一體”的農技推廣服務體系。
　　在深化農村土地制度改革方面，研究人員認為，應該放活經營，以組織形態創新為突破口降低交易成本。要實現農村土地產權的充分流動和優化配置，改革的重點須由初期確定產權的初始配置向確保產權的二次配置轉變，以農民自主和仲裁制度為核心健全產權保護機制，以城鄉一體化管理為目標破解產權改革新問題。
　　當前農村集體土地所有權管理制度中存在的問題，以及農村土地產權難以有效進入市場實現低成本流轉的重要原因，是城鄉土地管理的“二元”格局還沒有取得實質性突破。因此，改革的重點領域是推進農村集體土地管理的城鄉并軌，建立股份股權的固化和靜態管理機制，股隨人走，允許農民持股進城就業或定居。同時，探索集體建設用地使用方式改革，建立與產權改革成果相適應的征地制度，推進土地征收、征用按產權權屬進行補償，逐步縮小征地范圍，適當提高征地補償標準。
　　補短板，就是以綠色供給滿足農業生態轉型需求，需要建立經濟補償制度，引導農業經營者的行為轉變。推行農業與環境的一攬子計劃，制訂生態保育型農業推進方案，采取措施減少使用化肥農藥，并且對因此減產的農民實施補貼。此外，應把直接補貼生態脆弱地區和植樹造林行為政策，轉變為補貼農場等經營主體，給農民更多的生產決定權。
　　切實做到“藏糧于地”“藏糧于技”，需要強化政府投資職能，堅持對高標準農田建設、糧食新品種研發、先進設施裝備建設、耕地與水資源可持續發展利用等領域的投資，改變農田基礎薄弱的現狀。為應對現階段國內外糧食市場形勢，糧食定價機制、補貼方式和收儲制度等一系列改革，要以確保農民的利益為核心，穩步推進。