綠色食品生產應從作物一病蟲草等整個生態系統出發，綜合運用各種防治措施,創造不利于病蟲草害孳生和有利于各類天敵繁衍的環境條件，保持農業生態系統的平衡和生物多樣化，減少各類病蟲草害所造成的損失。
　　
　　優先采用農業措施，通過選用抗病蟲品種，非化學藥劑種子處理，培育壯苗，加強栽培管理，中耕除草，秋季深翻曬土，清潔田園，輪作倒茬、間作套種等一系列措施起到防治病蟲草害的作用。應盡量利用燈光、色彩誘殺害蟲，機械捕捉害蟲，機械和人工除草等措施，防治病蟲草害。
　　
　　特殊情況下，必須使用農藥時，應遵守生產aa級和a級綠色食品的農藥使用準則。
　　
　　生產aa級綠色食品的農藥使用準則：允許使用aa級綠色食品生產資料農藥類產品；允許使用中等毒性以下植物源殺蟲劑、殺菌劑、拒避劑和增效劑，允許使用釋放寄生性捕食性天敵動物；在害蟲捕捉器中使用昆蟲信息素及植物源引誘劑；使用礦物油和植物油制劑；使用礦物源農藥中的硫制劑、銅制劑;允許有限度地使用活體微生物農藥。
　　
　　禁止使用有機合成的化學殺蟲劑、殺螨劑、殺菌劑、殺線蟲劑、除草劑和植物生長調節劑；禁止使用生物源、礦物源農藥中混配有機合成農藥的各種制劑；嚴禁使用基因工程品種(產品)及制劑。
　　
　　生產a級綠色食品的農藥使用準則：允許使用aa級和a綠色食品生產資料農藥類產品；允許使用中等毒性以下植物源農藥、動物源農藥和微生物源農藥；在礦物源農藥中允許使用硫制劑、銅制劑；有限度地使用部分低毒農藥和中等毒性有機合成農藥，但要按國標要求執行具體操作。
嚴禁使用劇毒、高毒、高殘留或具有三致毒性(致癌、致畸、致突變)的農藥；每種有機合成農藥(含a級綠色食品生產資料農藥類的有機合成產品)在一種作物的生長期內只允許使用一次；嚴格按照國家標準的最高殘留限量(mrl)要求；嚴禁使用高毒高殘留農藥防治貯藏期病蟲害；嚴禁使用基因工程品種(產品)及制劑。