一般來說，種質資源的保存方法主要有干燥密封保存、低溫保存、異地保存、種質資源庫保存、自然保護區保存、種質資源圃保存、試管苗保存、超低溫保存、超干種子的貯藏等多種，而目前來看，興建種質資源庫是目前比較流行，且穩妥的低溫低濕保存技術方案。

    1、干燥密封保存：
    在常溫條件下在密封容器中加適量干燥劑保存種子的方法。干燥劑可用生石灰、氯化鈣、硅膠等，一般種子與干燥劑的比例以1∶2為宜，硅膠比例可適當提高。

    2、低溫保存：
    種子干燥后進行密封包裝，然后置于低溫條件下如冷庫、冰箱內保存。這是一種低溫不控濕度的方法。因此特別要注意存放種子的容器要嚴格密封，防止吸濕。

    3、異地保存：
    將潮濕地區的種子移至到干燥、低溫地區保存。我國青海、新疆等地氣候干燥寒冷，青海西寧常年平均氣溫6.0℃，平均相對濕度為53.9%，7月至9月的相對濕度在65%左右，即相當一個自然低溫干燥庫。

    以上保存方法其共同特點是，種子含水量仍相對較高。種子在貯藏中代謝仍比較旺盛，種子衰老快，種子溫度常隨外界環境的變化而變化，如密封不好，種子含水量還會與環境濕度平衡。

    4、種質資源庫保存：
    種質資源庫庫內有控濕設備，是當今保存種質資源較為理想的條件。按貯藏期可分為短期保存，中期保存和長期保存三種。

    短期庫：庫溫控制在10℃~15℃，相對濕度在50%~60%。種子用紙袋或布袋包裝，一般可存放5年左右，作為臨時應用材料，供鑒定、研究和分發。

    中期庫：庫溫0℃~10℃，相對濕度在50%以下。種子用防潮材料包裝并密封。種子水分在8%左右，可保存15以上，保存種子主要是用作分發材料。

    長期庫：庫溫在-10℃~-20℃，相對濕度在30%~50%，種子含水量在4%~6%。種子用鋁盒或鋁箔塑膠密封包裝、或真空密封。貯藏期50年~100年。長期庫貯藏，一般不作分發用，即當分發材料用完時可用作繁殖材料提取，所以也叫基礎庫。

    復份異地保存：因為全部種子資源集中一處保存有很大危險性，為了防止萬一，從種子中分出一部分，放置另異地進行復份保存，此種保存法稱復份異地保存。

    5、自然保護區保存：
    是保存某些野生種質資源的最好方式，也是原地保存。保留原有生態環境，使它們不致隨自然棲息地的消失而滅絕。

    6、種質資源圃保存：
    多年生植物如果樹、茶樹、水生蔬菜等采取田間保存活植株和用無性繁殖方式來保存種質。

    7、試管苗保存：
    無性繁殖作物難以用種子保存，可采用試管苗方式保存，又稱分生組織保存。其方法是將植株莖類取下接種在有分化培養基的試管中，在適宜溫度和光照下生根，長莖。然后將之轉入含生長培養基的試管中，待種苗長到10厘米左右時，即可置低溫下保存。一般經半年至一年后，取下試管莖類，放入新試管中，如上法繼續保存，每半年轉管一次，如此可無限期地保存下去。

    8、超低溫保存：
    在-80℃以下保存種質資源。超低溫保存種質資源一般以液態氮為冷源，液態氮中溫度為-196℃。在如此低溫下，原生質、細胞、組織、器官或種子代謝過程基本停止并處于“生機暫停”狀態，大大減少或停止了與代謝有關的劣變，從而為“無限期”保存創造了條件。

    9、超干種子的貯藏：
    即對那些能夠達到超干（低于5%~7%的種子含水量）而無害的種子，采用超干后密封包裝，常溫保存，以節省能源。